比较基因组学分析

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比较基因组学分析

比较基因学分析（comparative genomic analysis）是基于测序获得的基因组序列和基因注释信息的数据材料，通过不同层面的比较分析，挖掘多个样品之间数据关联的一种方法和手段，是后基因组学分析的重要组成部分。比较基因组学分析已经成为研究基因水平转移、物种基因组特性、群体进化、关键功能基因挖掘、物种环境适应性等方向的法典。比较基因组学的分析数据，将为研究人员指明后续功能基因组学实验研究的方向并极大程度上提高研究效率和靶向性。

一、比较基因组学实验方法：

1. 基因序列测序构建分子进化树

分子树又称分子系统树 (molecular system tree) , 是用生物化学方法对不同物种同源蛋白质氨基酸或核酸核苷酸组成差异序列所反映出的亲缘关系、进化地位、分歧时间而绘制出的树状图谱。

2. 荧光原位杂交技术

荧光原位杂交技术 (FISH) 是20世纪80年代发展起来的一种分子细胞遗传学技术, FISH以已有的放射性原位杂交技术作为基础, 广泛应用于动植物基因组结构的研究。

3. Array-based CGH

比较基因组杂交技术 (comparative genomic hybridization, CGH) 是1992年在FISH的基础上经过改进的一种分子细胞遗传学技术，基因组DNA和待测细胞的DNA经不同荧光染料标记, 与中期染色体杂交, 通过检测染色体上的荧光信号, 确定待测组织DNA拷贝数的改变并实现在染色体上的定位。

二、比较基因组学比对方法

1. 种间比较基因组学

通过对不同亲缘关系物种的基因组序列进行比较，能够鉴定出比对物种之间各自独有的序列，了解不同物种在核苷酸组成、基因顺序中的异同，利用生物信息学软件将比对序列结果进行分析，从而获得不同物种同源蛋白质氨基酸或脱氧核苷酸组成差异序列所反映出的亲缘关系、进化地位信息。

2. 种内比较基因组学

同种群体内基因组存在大量的变异和多态性, 正是这种基因组序列的差异构成了不同个体与群体对疾病的易感性和对药物与环境因子不同反应的遗传学基础。